DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System), das Dynamisch Anpassungsfähige Protein-Ligand Andocksystem ist ein Projekt der Universität von Delaware, dem Scripps Forschungsinstitut (TSRI) und der Universität von Kalifornien (Berkeley).

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Universität von Delaware

Scripps Forschungsinstitut (TSRI)

Universität von Kalifornien (Berkeley)

Bei diesem Projekt geht es darum, im Computer die Anlagerung kleiner Wirkstoffmoleküle (die sogenannten Liganden) an Proteine zu simulieren. Dabei werden u.a. elektrostatische Anziehungs-. bzw. Abstoßungskräfte berücksichtigt und die Stärke der Bindung (also die Stabilität des Protein-Liganden-Komplexes) bestimmt. Auf diese Weise kann man mit Hilfe von Computern eine Vorauswahl von Molekülen treffen, die am Wahrscheinlichsten an ein gegebenes Protein andocken können. Man muß also nicht jedes Molekül experimentell im Labor prüfen und spart so Zeit und Geld. Das Ziel solcher Projekte ist üblicherweise das Auffinden von Wirkstoffen, die die Funktion von krankheitsrelevanten Proteinen durch ihr Andocken verändern. So produziert HIV z.B. eine Protease (also ein Protein, das andere Proteine in kleinere Fragmente spaltet) gegen die man mit Hilfe solcher Wirkstoffmoleküle vorgeht.


Das Wirkstoffmolekül bindet an die Protease siehe:

http://de.wikipedia.org/wiki/Peptidase

es bildet sich ein stabiler Komplex und damit kann die Protease nun ihre eigentlichen Zielproteine nicht mehr binden und somit auch nicht mehr spalten. Auf diese Weise kann ein Teil der Funktionen des HI-Virus ausgeschaltet werden.

Das Projekt wird das Verständnis der atomaren Details des Protein-Liganden-Zusammenwirkens mittels des Computerwerkzeugs DAPLDS, das anpassungsfähiges mehrstufiges Modellieren in einer verteiltes-Rechnen-Umgebung ermöglicht, erweitern und dadurch die Entdeckung neuer Medikamente beschleunigen.

Die Ziele des Projektes sind:

    * Erforschen der multi-stufen Natur der algorithmischen Anpassungen im Protein-Ligand Andocksystem
    * Auf der Basis von Computermethoden und modellen eine Internetinfrastruktur zu entwickeln, die diesen Anpassungen effizient Rechnung trägt.