World Community Grid + Meine erarbeiteten Projekt - Auszeichnungen (Badges)



Das World Community Grid (WCG) ist eine von IBM kostenfrei zur Verfügung gestellte Plattform für verschiedene Distributed-Computing-Projekte. IBM hat allerdings keinen Einfluss auf das Projekt als solches.

Technisch nutzte die Plattform zunächst ausschließlich den Client von United Devices für die Berechnungen. Um auch den Benutzern von Linux und MacOS X eine Teilnahme zu ermöglichen wurde 2005 ein zusätzlicher BOINC-Client angeboten. Seit August 2007 wurde die Migration weg vom UD-Client durchgeführt (siehe WCG-Forum), sie wurde im ersten Halbjahr 2008 abgeschlossen. Mit Abschluss dieser Phase ist Arbeit nur noch über den BOINC-Client verfügbar.

Das World Community Grid unterstützt lediglich gemeinnützige Projekte, deren Ergebnisse im Anschluss veröffentlicht und als public domain freigegeben werden. Die Entscheidung, welche Projekte in das Grid aufgenommen werden, liegt hierbei beim so genannten Advisory Board, welches von Experten einer Vielzahl von Organisationen gebildet wird.

 Es folgen die Unterprojekte:

AfricanClimate@Home (Projekt: pausiert)

Das Projekt AfricanClimate@Home ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Klimatologie, welches auf der Infrastruktur des World Community Grid (WCG) aufsetzt.

Es wird versucht genauere Klimamodelle für bestimmte Regionen in Afrika zu entwickeln. Phase 1 des Projekts wurde am 27.06.2008 abgeschlossen.

 Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben  :                     

Das Projekt Discovering Dengue Drugs - Together ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Krankheitsbekämpfung, welches auf der Infrastruktur des World Community Grid (WCG) aufsetzt. Ein Statusreport des Projekts in englischer Sprache findet sich hier.

Versucht wird, ein Mittel gegen die Flavivirus-Familie zu finden, welche unter anderem verantwortlich ist für Krankheiten wie das Dengue-Fieber, das Westnilfieber, Gelbfieber und Hepatitis-C. Hierbei wird versucht, die virale NS3-Protease zu blockieren. NS3-Protease ist ein für die Reproduktion des Virus essentielles Enzym, dessen Aminosäuresequenz bei allen Vertretern der Flavivirus-Familie starke Ähnlichkeiten aufweist. Da die atomare Struktur der NS3-Protease bekannt ist, können strukturbasierte Computerprogramme genutzt werden, um Proteaseinhibitoren zu identifizieren. Eingesetzt wird im Falle von DDDT das Programm Autodock in der Version 4.0.

Hierzu ist das Projekt in 2 Phasen eingeteilt worden. Phase 1 startete Anfang August 2007 und sollte Beginn 2008 enden. Phase 2 sollte noch im Jahr 2007 beginnen. Durch Hurrikan "Ike" im Sommer 2008 war der Betrieb in der University of Texas Medical Branch (UTMB), und damit auch die Forschung an diesem Projekt erheblich beeinträchtigt! Phase 1 endete im August 2009. Mit dem Beginn der Phase 2 wird noch dieses Jahr gerechnet.

Nach Schätzungen der Projektwissenschaftler werden zum Abschluss des Projekts voraussichtlich etwa 50.000 CPU-Jahre Rechenzeit benötigt. Nach erfolgreichem Abschluss des Projekts plant das Projektteam ausgehend von der aktuellen Software weitergehende Forschungen an HIV, Influenza, Malaria und Tuberkulose.

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben  

FightAIDS@home




In der HIV-Forschung stellt sich bei der Suche nach möglichen Medikamenten ein großes Problem: Der HI-Virus mutiert ständig, so dass ein Medikament gegen möglichst viele Mutationen gleichzeitig wirken muss. Deshalb kommt auch hier die Computersimulation ins Spiel, bei der mögliche Mutationen und Wirkstoffkombinationen getestet werden.

Konkret wird bei FightAIDS@home versucht, mittels der Simulationssoftware Autodock ein Molekül zu finden, welches derart designed ist, dass es die HIV-Protease blocken kann. Die Protease ist der Teil des HI-Virus, welcher von ihm zum Andocken an die Zellen des menschlichen Körpers genutzt wird.

Anfangs setzte dieses Projekt auf die Plattform von Entropia. Im November 2005 wurde das FightAIDS@home-Projekt dann in das World Community Grid integriert, und unterstützte zunächst den (mittlerweile veralteten) Client von United Devices. Im Zuge der allgemeinen Umstellung auf die BOINC-Infrastruktur wurde auf diesen Client jedoch zugunsten von BOINC verzichtet. Erste wissenschaftliche Ergebnisse wurden im Oktober 2007 im ACS Journal of Chemical Information and Modeling veröffentlicht (Pressemitteilung).

 Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben :

Bronze	Silver	Gold	Ruby	Emerald	Sapphire
für 14 Tage Rechenzeit	für 45 Tage Rechenzeit	für 90 Tage Rechenzeit	für 180 Tage Rechenzeit	für 1 Jahr Rechenzeit	für 2 Jahre Rechenzeit

Help Conquer Cancer



Help Conquer Cancer (Hilf den Krebs zu besiegen) ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Krankheitsbekämpfung, welches auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid aufsetzt.

Die Projektbetreiber erhoffen sich durch eine Verbesserung der Methoden der Proteinkristallographie eine effizientere Strukturaufklärung krebsrelevanter Proteine, was ein umfassenderes Verständnis der Krankheit und auch neue Therapiemöglichkeiten eröffnen könnte. Dazu werden bereits vorhandene Proteinkristallaufnahmen automatisiert untersucht. Einige Details zum Vorgehen des Projekts finden sich in englischer Sprache hier. Berechnet werden müssen 86,630,400 WUs, deren Dauer vom Projektbetreiber mit je ca. 10 Stunden angegeben wird. Demnach würden für das Projekt insgesamt ca. 98893 Jahre CPU-Zeit benötigt werden.

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben:

Bronze	Silver	Gold	Ruby	Emerald	Sapphire
für 14 Tage Rechenzeit	für 45 Tage Rechenzeit	für 90 Tage Rechenzeit	für 180 Tage Rechenzeit	für 1 Jahr Rechenzeit	für 2 Jahre Rechenzeit

Help Cure Muscular Dystrophy



Das auf dem World Community Grid betriebene Projekt Help Cure Muscular Dystrophy ist ein Distributed Computing Projekt, welches versucht, Medikamente gegen Muskeldystrophie (eine Anzahl degenerativer Muskelerkrankungen) zu entwickeln.

Phase I des Projektes begann am 19.12.2006 und wurde am 11.06.2007 abgeschlossen:


Phase II wurde am 12.05.2009 gestartet :


Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben: 

	Bronze	Silver	Gold	Ruby	Emerald	Sapphire
Phase I:
Phase II:
	für 14 Tage Rechenzeit	für 45 Tage Rechenzeit	für 90 Tage Rechenzeit	für 180 Tage Rechenzeit	für 1 Jahr Rechenzeit	für 2 Jahre Rechenzeit

Help Fight Childhood Cancer



Help Fight Childhood Cancer (HFCC) startete im März 2009 als Unterprojekt im World Community Grid.

Übersetzung des Textes auf der Homepage des Projekts:

Das "Help Fight Childhood Cancer"-Projekt kommt aus dem Chiba Cancer Center Research Institute, welches der Universität Chiba in der Präfektur Chiba, Japan, angeschlossen ist. Wie dem Namen des Projektes bereits zu entnehmen ist, konzentriert es sich darauf neue Medikamente gegen Krebserkrankungen im Kindesalter, namentlich Neuroblastom, zu finden.

Das Neuroblastom ist einer der am häufigsten in den ersten beiden Lebensjahren auftretenden bösartigen Tumore bei Kindern, und seine klinischen Studien sind bis jetzt noch recht mager. Mit Eurer Hilfe hoffen wir Grundlagenforschung betreiben zu können, die zu neuen Erkenntnissen und der Entwicklung neuer Medikamente führt, um diese komplizierten Tumore bei Kindern behandeln zu können. Wir erwarten etwa 2 Jahre Rechenzeit für dieses Projekt und freuen uns sehr über Eure Unterstützung beim World Community Grid, zumal wir mit den uns zu Verfügung stehenden Computern über 100 Jahre lang rechnen müssten.

Vielen Dank
Das "Help Fight Childhood Cancer project"-Team

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben: 

Bronze	Silver	Gold	Ruby	Emerald	Sapphire
für 14 Tage Rechenzeit	für 45 Tage Rechenzeit	für 90 Tage Rechenzeit	für 180 Tage Rechenzeit	für 1 Jahr Rechenzeit	für 2 Jahre Rechenzeit

Human Proteome Folding Project



Das Human Proteome Folding Project (HPFP) ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Biotechnologie, welches am Institute for Systems Biology (ISB), einem internationalen Non-Profit-Forschungsinstitut, entwickelt wurde und als erstes Distributed Computing Projekt auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid (WCG) aufsetzt. Mittlerweile läuft das Projekt auch unter BOINC.

(Um die Begrenzung der maximalen CPU-Auslastung des Clients von 60% zu ändern siehe: World Community Grid)

Bei diesem Projekt geht es um die de novo Strukturvorhersage von menschlichen Proteinen. Wie man den Ergebnissen des 4. und 5. CASP-Wettbewerbs entnehmen kann, gehört das bei HPFP zu diesem Zweck eingesetzte Rosetta Programm heutzutage zu den leistungsfähigsten seiner Art.

Die erste Phase wurde mittlerweile erfolgreich abgeschlossen, nun werden medizinisch besonders interessante Proteine im Rahmen der Phase 2 intensiver untersucht. Die Hauptziele dabei sind

    * feiner gegliederte Strukturen für spezifische menschliche Proteine und Krankheitserregerproteine zu erhalten und
    * die Grenzen der Proteinstrukturvorhersage durch eine weiter entwickelte Rosetta Software-Strukturvorhersage zu erforschen.

Am 10.07.2007 veröffentlichte das Bonneau Laboratory, welches HPFP betreibt, ein Update zum Fortschritt des Projekts. Demnach wurde unter anderem der erste Malaria-relevante Datensatz vollständig berechnet. Eine Übersetzung des Updates gibt es im Forum
   Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben:  

Meine Badges:	Bronze	Silver	Gold	Ruby	Emerald	Sapphire
Phase I:
Phase II:
	für 14 Tage Rechenzeit	für 45 Tage Rechenzeit	für 90 Tage Rechenzeit	für 180 Tage Rechenzeit	für 1 Jahr Rechenzeit	für 2 Jahre Rechenzeit

Influenza Antiviral Drug Search

Das Projekt Influenza Antiviral Drug Search ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Krankheitsbekämpfung, welches auf der Infrastruktur des World Community Grid (WCG) aufsetzt. Projektbetreiber ist die University of Texas Medical Branch (UTMB), die bei WCG bereits mit dem Discovering Dengue Drugs - Together Projekt vertreten ist.

Ziel des Influenza Antiviral Drug Search Projektes ist es, Medikamente zu entwickeln, die die Ausbreitung einer Influenza-Infektion im Körper aufhalten können. Das Forschungsprojekt beschäftigt sich besonders mit resistenten, als auch neu auftretenden Influenza-Formen. Die chemischen Verbindungen zu erkennen, die sich am besten eignen, soll die Entwicklung von Behandlungsmöglichkeiten beschleunigen, die bei saisonalen Influenza-Erkrankungen, aber auch bei zukünftigen Influenza-Epidemien, oder sogar -Pandemien anwendbar sind.

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben: :

 The Clean Energy Project

The Clean Energy Project startete Ende 2008 als Unterprojekt im World Community Grid.

Übersetzung des Textes auf der Homepage des Projekts:

Wir leben im Energiejahrhundert. Die gegenwärtige Wirtschaft, die auf fossilen Brennstoffen basiert, muss einer auf erneuerbaren Energien basierenden Zukunftswirtschaft Platz machen. Das zu erreichen ist die größte Herausforderung für die Menschheit. Die Chemie wird dabei helfen diese Herausforderung zu bewältigen, durch die Entdeckung neuer Materialien die Sonnenstrahlen ernten, Energie für späteren Nutzen speichern und die gespeicherte Energie bei Bedarf zurückgeben.

Das Clean Energy Project benutzt rechnergestützte Chemie und die Hilfsbereitschaft der Teilnehmer um nach Folgendem zu suchen: den besten Molekülen für organische Photovoltaik um billige Solarzellen herzustellen, den besten Molekülen für Polymere für Brennstoffzellenmembranen, und wie man diese Moleküle am besten erzeugt. Durch die Mithilfe bei der kombinatorischen Suche unter den tausenden potentiellen Systemen könnt Ihr zum Ergebnis beitragen.

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben::

 Nutritious Rice for the World

Das Projekt Nutritious Rice for the World (deutsche Übersetzung: Nahrhafter Reis für die Welt) untersucht die Proteine von Reis. Es setzt auf der Infrastruktur des World Community Grid (WCG) auf. Das Projekt wird von der Computational Biology Research Group der Universität Washington durchgeführt.

Eine Analyse der Reisproteine soll Möglichkeiten zu einer möglichst effizienten Kreuzung von Reissorten mit dem Ziel eines besseren Ertrags, sowie höherer Widerstandsfähigkeit gegen Witterungsbedingungen und Herbizide aufzeigen.

Die Workunits sind alle einzigartig und haben eine feste Laufzeit von ca. 7h, wobei allerdings die Zahl der berechneten Strukturen je nach Geschwindigkeit des Computers variiert. Von der Zahl der durchgeführten Berechnungen ist die Creditvergabe abhängig.

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben: :